เดิมตำบลบางยี่โท  ขึ้นอยู่กับการปกครองของอำเภอเสนาน้อย ต่อมาได้มีการเปลี่ยนแปลงการปกครองจากอำเภอเสนาน้อย มาเป็นอำเภอราชคราม และจากนั้นอำเภอราชคราม ย้ายมาที่ฝั่งตรงข้ามของแม่น้ำเจ้าพระยา จึงได้เปลี่ยนชื่อใหม่เป็นอำเภอบางไทร ส่วนชื่อบางยี่โทนั้น สันนิฐานว่าคงจะมาจากคำที่ตั้งเพื่อสอดคล้อง กับบ้านพี่เมืองน้อง กับตำบลบางนมโค อำเภอเสนา ส่วนอีกนัยหนึ่งเล่าต่อกันว่าที่บ้านเกาะหลวงหมู่ที่3ตำบลบางยี่โทนั้นได้มีเจ้านายจากวังเสด็จมาประทับเป็นประจำ ชาวบ้านเกาะหลวงและบริเวณใกล้เคียง ได้ตักน้ำใส่ขันหรือโถมาให้ดื่มพร้อมใส่ดอกใม้คือดอกยี่โถ ลงไปในโถน้ำด้วย เพื่อให้มีกลิ่นหอมน่าชวนดื่ม อีกทั้งดอกยี่โถเป็นยาสมุนไพรแก้ท้องเสียอีกด้วย  จากข้อมูลดังที่กล่าวข้างต้น  จึงได้ชื่อตำบลว่า "บางยี่โถ" เพี้ยนมาเป็น "บางยี่โท"  จนถึงปัจจุบัน

ดังนั้นตำบลบางยี่โท จึงใช้สัญลักษณ์ดอกยี่โถ อยู่ตอนกลางของตราเครื่องหมายขององค์การบริหารส่วนตำบลบางยี่โท